Sesuai dengan Peraturan Menteri Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat No.13 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian PU, Kementerian Pekerjaan Umum terdiri atas 10 (sepuluh) unit organisasi. Balai Pengembangan Kompetensi PU Wilayah IX Jayapura dipimpin oleh seorang Kepala Balai dan dibantu oleh 2 (dua) orang pejabat pengawas dan 1 (satu) pejabat fungsional yang meliputi: (tambahan narasi terkait perubahan struktur organisasi tahun 2024.