Balai Pengembangan Kompetensi PUPR Wilayah IX Jayapura didirikan pada tahun 2001 dengan nama Balai Pendidikan dan Pelatihan Permukiman dan Prasarana Wilayah IX terletak di Jalan Bhayangkara I No. 16 Jayapura, Papua yang kemudian berkembang dan akhirnya berubah nama menjadi Balai Pengembangan Kompetensi PUPR Wilayah IX Jayapura. Sebagai unit yang mengikuti kebijakan pusat, maka Balai Pengembangan Kompetensi PUPR Wilayah IX Jayapura mengikuti unit kerja yang berada di BPSDM, yaitu: Sekretariat BPSDM, Pusat Pengembangan Kompetensi Talenta, Pusat Pengembangan Kompetensi Sumber Daya Air dan Permukiman, Pusat Pengembangan Kompetensi Jalan, Perumahan dan Pengembangan Infrastruktur Wilayah serta Pusat Pengembangan Kompetensi Manajemen dan Konstruksi.

Untuk pengembangan dan optimalisasi fungsi gedung baik dari segi bentuk maupun luasan, Balai Pengembangan Kompetensi PUPR Wilayah IX Jayapura mengalami beberapakali perubahan mulai dari tahun 2001 s.d 2024 sesuai dengan tuntutan kebutuhan akan fasilitas pelatihan dengan luasan gedung sebesar 4119,45 m2 yang berdiri di lahan sebesar 1229 m2.

Balai Pengembangan Kompetensi PUPR Wilayah IX Jayapura sebagai salah satu unit pelayanan teknis yang berada dibawah naungan BPSDM turut berperan serta dalam mewujudkan target renstra BPSDM yang pada akhirnya bertujuan untuk mengejawantahkan Renstra Kementerian PUPR 2020-2024. Hal ini kemudian dituangkan dalam ke dalam visi, misi, tujuan, dan indikator tujuan atau ukuran keberhasilan Balai Pengembangan Kompetensi PUPR Wilayah IX Jayapura sesuai dengan peran, tugas, dan fungsinya.